Nasce a Veria in Grecia il 24 Giugno 1978; un centrocampista dotato di un buon dribbling e di un buon tiro da fuori area e acclamato per la sua eccellente abilità nei passaggi. Inizia la sua carriera all'A.E. Pontion all'età di 17 anni, poi nel 1997 passa al PAOK F.C. di Salonicco e nella stagione 2000/2001 vince la Coppa di Grecia con la squadra di Salonicco e nella stagione 2002/2003 si ripete vincendo la Coppa di Grecia, sempre con la squadra di Salonicco. I greci dell'Olympiakos del Pireo lo ingaggiano insieme a Georgiadis, ma nella sua prima stagione al Pireo non è fortunato arrivando nel campionto greco secondo con il Panathinaikos F.C.. Nell'estate 2004 vince la Coppa d'Europa con la nazionale di Otto Rehhagel che lo convoca fra i 22 giocatori a disposizione per l'Europeo 2004 e nelle stagioni 2004/2005 e 2005/2006 vince la Coppa di Grecia e il campionato greco con l'Olympiakos Pireo insieme al brasiliano Rivaldo. Segnando anche goal importanti, come quello del momentaneo 1-1 in Champions League al Real Madrid al Campus Bernabeu. Nella stagione 2006/2007 passa ai rivali dell'AEK Atene, che nell'estate 2007 il club ateniese ingaggia proprio il brasiliano Rivaldo dai rivali dell'Olympiakos Pireo in scadenza di contratto. Kafes contribuisce alla qualificazione alla coppa Uefa nella stagione 2006/2007 e sfiora lo scudetto nella stagione 2007/2008, assiste alla rivoluzione del club ateniese, dove partono pezzi da 90 come il brasiliano Rivaldo, il difensore Dellas, Cesar e al cambio in panchina dell'allenatore dove siede Donis, i primi risultati non sono soddisfacenti ma Kafes rimane uno dei giocatori fondamentali sempre al servizio della squadra segnando dei goal importanti. Themistoklis Nikolaidis lascia la presidenza dell'Aek Atene e Kafes assiste ad un nuovo cambio di allenatore nel novembre 2008 dove ritorna Dusan Bajevic, con il quale Kafes ha già vinto lo scudetto e la coppa di Grecia con l'Olympiakos Pireo nella stagione 2004/2005. Kafes raggiunge la finale di Coppa di Grecia proprio contro la sua ex squadra e del suo compagno dell'Europeo 2004, Antonis Nikopolidis. Il 13 giugno 2009 l'Aek Atene gli prolunga il contratto per altri 3 anni e per la stagione 2009-2010 viene nominato capitano della squadra ateniese. Il 24 gennaio 2010, segna una doppietta in casa contro il PAS Giannina riportando prima in vantaggio l'Aek Atene e poi sul 3-1, dando la vittoria alla sua squadra. Anche nell'incontro del 21 febbraio contro l'Aris Salonicco di Hetor Cuper segno il goal partita dove l'Aek Atene si impose per 1-0. Il 2 febbraio 2011 raggiunge la semifinale di coppa di Grecia battendo il Panathinaikos di Atene dei suoi ex compagni di nazionale Kargounis, Katsouranis, Seitaridis. Il 30 aprile 2011 vince con l'AEK di Atene la quinta Coppa di Grecia contro l'Atromitos con un 3-0 allo stadio OAKA di Atene, segnado il 3-0 definitivo.
In Nazionale: Pantelis Kafes ha fatto il suo debutto nella nazionale greca nell'Aprile 2001, contro la Croazia, segnando il suo primo goal contro l'Austria a Vienna nel Marzo 2003 per poi ripetersi in occasione della vittoria della Grecia contro la Svezia in agosto 2003. Kafes contribuisce alla qualificazione della nazionale greca all'Europeo 2004 e qualche mese dopo vince proprio l'Europeo 2004 con la nazionale greca e contribuisce alla qualificazione della nazione all'Europeo 2008. Nell'Agosto 2010 il nuovo allenatore della Nazionale, Fernandos Santos lo riconvoca per l'amichevole contro la Serbia, dopo un'assenza di 2 anni. Pantelis Kafes entra negli ultimi minuti, 8 ottobre 2010 contro la Lettonia, subentrando al capitano Georgios Karagounis, contribuendo alla prima vittoria della Nazionale Greca sotto la gestione del tecnico Fernando Santos.